Separate linear models are fit via lm similar to lmList,
however, adjust_lmList can handle models where a factor takes only one
level within a group. In this case, the formula is updated eliminating
the offending factors from the formula for that group as the effect is
absorbed into the intercept.
# S3 method for formula adjust_lmList(object, data, pool)
| object | a linear formula such as that used by |
|---|---|
| data | a data frame containing the variables in the model. |
| pool | a logical value that indicates whether the pooled standard deviation/error should be used. |
Douglas Bates, Martin Maechler and Ben Bolker (2012). lme4: Linear mixed-effects models using S4 classes. R package version 0.999999-0.
data(Exam, package = 'mlmRev') sepLM <- adjust_lmList(normexam ~ standLRT + sex + schgend | school, data = Exam) confint(sepLM)#> , , 1 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) 0.3263569 0.880487552 #> standLRT 0.5428713 0.866088363 #> sexM -0.7062104 -0.005229246 #> #> , , 2 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) 0.2741168 0.6904430 #> standLRT 0.5856914 0.9368854 #> sexM NA NA #> #> , , 3 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) 0.1808845 0.8652867 #> standLRT 0.3506674 0.8180285 #> sexM -0.3548285 0.4692764 #> #> , , 4 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) -0.01708563 0.48795787 #> standLRT 0.57293686 0.90154411 #> sexM -0.73604554 -0.06961313 #> #> , , 5 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) -0.1595617 0.5173484 #> standLRT 0.3196197 1.0194057 #> sexM -0.3122614 0.6787381 #> #> , , 6 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) 0.3994135 0.8070153 #> standLRT 0.3429282 0.7277607 #> sexM NA NA #> #> , , 7 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) 0.24328532 0.5537685 #> standLRT 0.06437063 0.4201863 #> sexM NA NA #> #> , , 8 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) -0.1694081 0.1190189 #> standLRT 0.4359288 0.6988817 #> sexM NA NA #> #> , , 9 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) -0.5163689 0.3113809 #> standLRT 0.1773889 0.6149736 #> sexM -0.7367574 0.2919920 #> #> , , 10 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) -0.45804811 0.21709881 #> standLRT 0.02129566 0.57311913 #> sexM -0.75500829 0.09317282 #> #> , , 11 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) 0.04520193 0.4867243 #> standLRT 0.26858390 0.6486871 #> sexM NA NA #> #> , , 12 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) -0.1851760 0.41786999 #> standLRT 0.1568075 0.68324550 #> sexM -0.8170397 0.06032129 #> #> , , 13 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) -0.3121936 0.1602812 #> standLRT 0.4231835 0.7842949 #> sexM -0.5761591 0.1841319 #> #> , , 14 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) -0.2340343 0.063454982 #> standLRT 0.4823489 0.710977683 #> sexM -0.4104064 0.006161141 #> #> , , 15 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) -0.3897919 0.05931406 #> standLRT 0.5468211 0.92725157 #> sexM -0.4497958 0.16101075 #> #> , , 16 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) -0.5521980 -0.2190879 #> standLRT 0.2195726 0.5943072 #> sexM NA NA #> #> , , 17 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) -0.2983521 0.0005841605 #> standLRT 0.3663959 0.6146511204 #> sexM -0.4595705 0.1462777495 #> #> , , 18 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) -0.1933661 0.07868622 #> standLRT 0.1547744 0.56399159 #> sexM NA NA #> #> , , 19 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) -0.1988869 0.51911911 #> standLRT 0.4110062 1.03191597 #> sexM -0.7989017 0.02781329 #> #> , , 20 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) -0.06610851 0.6511977 #> standLRT 0.28592233 0.7516565 #> sexM -0.50887093 0.4261859 #> #> , , 21 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) 0.09411429 0.4433261 #> standLRT 0.36417729 0.7448105 #> sexM NA NA #> #> , , 22 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) -0.6429741 -0.1931720 #> standLRT 0.3718559 0.6694182 #> sexM -0.3994458 0.2207079 #> #> , , 23 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) -1.0589335 -0.3542877 #> standLRT 0.1232313 0.6513788 #> sexM -0.3858722 0.7645369 #> #> , , 24 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) -0.08440336 0.4398668 #> standLRT 0.13979257 0.6554386 #> sexM NA NA #> #> , , 25 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) -0.4681044 -0.06747851 #> standLRT 0.3696859 0.69442914 #> sexM NA NA #> #> , , 26 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) -0.2127768 0.3459270 #> standLRT 0.3539255 0.7146563 #> sexM -0.5282161 0.1576498 #> #> , , 27 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) -0.2432297 0.3136069 #> standLRT 0.3332213 0.8125156 #> sexM NA NA #> #> , , 28 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) -0.99160002 -0.4200939 #> standLRT 0.02992496 0.4868472 #> sexM -0.54519752 0.2678522 #> #> , , 29 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) 0.02893775 0.3799085 #> standLRT 0.22122253 0.5798091 #> sexM NA NA #> #> , , 30 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) -0.1119115 0.3496121 #> standLRT 0.6086169 1.0031872 #> sexM NA NA #> #> , , 31 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) -0.29519837 0.2167474 #> standLRT 0.09812043 0.7064471 #> sexM NA NA #> #> , , 32 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) -0.2725009 0.4884809 #> standLRT 0.4469030 0.8652109 #> sexM -0.5656019 0.4015437 #> #> , , 33 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) -0.1308773 0.3760244 #> standLRT 0.3136608 0.7161246 #> sexM -0.4852955 0.1893604 #> #> , , 34 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) -0.4280417 0.6917086 #> standLRT 0.5417207 0.9908155 #> sexM -0.9782206 0.3229082 #> #> , , 35 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) -0.10733145 0.3707919 #> standLRT 0.08583033 0.7074766 #> sexM NA NA #> #> , , 36 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) -0.3814711 -0.0323657 #> standLRT 0.2899044 0.5867862 #> sexM NA NA #> #> , , 37 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) -0.86303981 -0.1074051 #> standLRT -0.04683207 0.5233799 #> sexM NA NA #> #> , , 38 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) -0.4117786 0.1964173 #> standLRT 0.4324098 0.8045009 #> sexM -0.4869755 0.3172313 #> #> , , 39 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) -0.08580749 0.3408916 #> standLRT 0.26389329 0.6412903 #> sexM NA NA #> #> , , 40 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) -0.4229468 -0.07745003 #> standLRT 0.5610778 0.89149116 #> sexM NA NA #> #> , , 41 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) 0.01591697 0.4090773 #> standLRT 0.28336164 0.6834597 #> sexM NA NA #> #> , , 42 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) -0.07672777 0.5315250 #> standLRT 0.14768929 0.6177283 #> sexM -0.64733724 0.1542706 #> #> , , 43 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) -0.3694495 0.06225094 #> standLRT 0.4825313 0.96690972 #> sexM -2.2578769 0.68123642 #> #> , , 44 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) -0.6217776 -0.06703287 #> standLRT 0.1116875 0.62756630 #> sexM NA NA #> #> , , 45 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) -0.3237111 0.1040984 #> standLRT 0.3568099 0.7762701 #> sexM -0.7863768 0.5817425 #> #> , , 46 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) -0.7547097 -0.2589714 #> standLRT 0.2678466 0.6303908 #> sexM -0.1240484 0.5266384 #> #> , , 47 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) -1.6414956 1.2884991 #> standLRT 0.4758159 0.8601886 #> sexM -1.3279602 1.6270263 #> #> , , 48 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) -13.63570 7.09154 #> standLRT -31.80557 18.00264 #> sexM NA NA #> #> , , 49 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) -0.08945059 0.1843917 #> standLRT 0.32895521 0.6401583 #> sexM NA NA #> #> , , 50 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) -0.5619947 -0.08856006 #> standLRT 0.5009351 0.84965420 #> sexM -0.3444848 0.34067081 #> #> , , 51 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) -0.2170689 0.30425141 #> standLRT 0.1326133 0.48269456 #> sexM -0.8343468 -0.05585432 #> #> , , 52 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) 0.1982797 0.5777984 #> standLRT 0.5580361 0.9225023 #> sexM NA NA #> #> , , 53 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) 0.4057054 0.7817016 #> standLRT 0.8896918 1.2642644 #> sexM NA NA #> #> , , 54 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) -1.511635 0.3726510 #> standLRT -0.884864 0.9272546 #> sexM -1.190699 0.8842954 #> #> , , 55 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) 0.4582710 1.05665797 #> standLRT 0.4073517 0.81633769 #> sexM -0.8087157 0.00864674 #> #> , , 56 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) -0.1066648 0.51413522 #> standLRT 0.5827576 1.12899891 #> sexM -0.8709050 0.08854877 #> #> , , 57 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) -0.1432485 0.2243516 #> standLRT 0.4184475 0.8062908 #> sexM NA NA #> #> , , 58 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) -0.03930461 0.4534591 #> standLRT 0.07650285 0.6350650 #> sexM NA NA #> #> , , 59 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) -1.0155664 -0.2701350 #> standLRT 0.1330872 0.5857961 #> sexM -0.7713684 0.1124081 #> #> , , 60 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) 0.08844282 0.4154892 #> standLRT 0.45619221 0.8194257 #> sexM NA NA #> #> , , 61 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) -0.3460901 0.2017394 #> standLRT 0.4529938 0.8327429 #> sexM -0.3159877 0.4360368 #> #> , , 62 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) -0.1590656 0.39744840 #> standLRT 0.3210642 0.76124913 #> sexM -0.6371948 0.06990985 #> #> , , 63 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) 0.38260418 1.1225002 #> standLRT -0.05601729 0.6743487 #> sexM -0.70073875 0.3999581 #> #> , , 64 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) -0.1709083 0.2458974 #> standLRT 0.5057029 0.9053449 #> sexM NA NA #> #> , , 65 #> #> 2.5 % 97.5 % #> (Intercept) -0.3418580 -0.007942406 #> standLRT 0.4098036 0.727114837 #> sexM NA NA #> #> attr(,"class") #> [1] "adjust_lmList.confint"